在当今千姿百态的合作办学中，由于多种不同的合作模式和多种不同的办学模式的存在，就组合成了多种多样的不同办学实践。每一个合作项目，既有不同合作模式的特点，又受不同办学模式的制约。从微观层面入手，对合作办学的合作模式和办学模式进行研究，以期解释当今纷繁复杂的合作办学现象，为实践提供借鉴。
一、合作模式分析
在合作办学中，双方都必须以一定的方式参与合作，从中各自承担一定的责任和义务。这种合作方式是多种多样的，往往因时、因地、因项目层次而异，最常见的有以下六组相对应的不同合作模式。
1.一对一合作与一对多合作
一般的合作办学机构都采用一对一的合作模式，即一所教育机构与相应的一所教育机构合作办学，在某些专业或课程方面进行合作。如甲与乙的两个专业。这种合作方式有利于引进乙的优质资源，选择的是对方的强项专业，或者甲方相对薄弱的专业。还有的合作办学机构采用的是和多方合作的模式，这样可以把各校的优质教育资源整合起来。这种合作模式，一般通过和一些教育集团，或者代表着乙方几所学校的机构合作进行。通过合作，几所学校之间的资源可以达到共享。这种一对多的方式，是目前比较受欢迎的一种合作模式。
一对一的合作项目便于双方更加深入、全面地相互了解，建立长久、稳固的关系，属于较紧密型的自然合作。一对多合作项目的最大特点是，可扩大甲方利用乙方教育资源的范围。不仅在引进乙方师资、课程内容、教学体系方面有较大的选择空间。而且扩大了双方合作办学机构毕业学生就业的选择机会
2.校校合作与校企合作
我国的合作办学模式基本上是校校合作的模式，即甲教育机构与乙方教育机构就某些专业、课程、项目进行合作。这种合作办学模式在合作办学中采用的较多，适应面广，合作方式多样。这种合作模式有利于甲教育机构弥补自身专业课程的不足，但实行过程中往往乙方教育机构不投入资金，只引进教师资源和课程，对于甲方来讲投入太大。
还有一种模式就是校企合作的模式。随着合作办学条例实施办法的出台，合作办学机构允许企业介入。企业可以投入资金，获得一定收益，但不能参与教育教学管理。校企合作模式的好处是有企业直接的资金注入，这也是校校合作模式所缺少的，而且企业愿意把资金投入在学校硬件设施的建设方面。这样，既能减轻合作方正启动资金方面的压力，又可以提高办学的硬件水平，也容易和较先进的教学条件接轨。
由于企业行为是需要回报的，这种合作项目营利特征较浓厚，使办学动机变得比较复杂，这也为合作各方责权利的规范增加了一定难度。这类合作办学机构正经营中比较注重追求利润。他们唯一的资金来源是学生的学费，扩大招生量和获取一定水准的学费，就成了这种机构最大的外在追求。为了达到这一目的，经营中他们会做一切有利于吸引学生扩大生源的事情，其中也包括降低录取分数，放宽教学要求等。其结果是学生水平参差不齐，有的学生完成不了预定的学业，影响了学校的信誉。这是所有注重营利的合作办学机构的通病。
3.独立机构与非独立机构
独立机构是指具有独立法人资格的合作办学机构。它不隶属于任何单位，在课程设置、教师聘用、招生和财务等方面自主运作。这种模式是理想化的合作办学模式，也是我们所说的真正意义上的合作办学。但是，它要求有大量的资金投入，以及完善的配套设施。因此，在我国这种模式还不多见。当前，主要以非学历教育的培训机构居多，因为它运作周期短，投入产出的回报率高。
非独立机构是指没有独立法人的合作办学机构，它一般是隶属于某一学校，是该校的二级学院，在理事会的领导下独立运行。非独立机构资金投入少，主要是借助主体学校的资源。同时，也作为主体学校的一个交流的窗口，便于主体学校培养更多的合作办学的资源，找到更适合主体学校引进优质资源的模式。在师资培训、引进课程、引进先进管理经验方面，也为主体学校起到了试行作用，便于主体学校更好地实现“为我所用”的理念。
独立机构的生存与发展均依赖于自身的经营，通常表现出有一定的企业行为，注重投入产出。它必须有一定的规模来支撑机构的良性运行和发展，比较注重宣传推广，重视建立自身品牌和长远发展。这类机构的另一特点是投入较大，要达到学校完整的配套必须有一定的资金和物质保证。特别是开办初期，需有雄厚的资金支持。目前，这类学校以非学历教育居多。
非独立机构（即项目）的特点是，形式灵活多样，可根据不同学校的特点和需求来设计合作项目，规模可大可小，进则可发展成为独立的机构，退则可由原来学校来消化吸收，没有太大的后顾之忧。非独立机构具有从属性的特征，从属于某个主体机构；便于办学的资源共享，从而节约投资；具有较好的辐射功能，与母校有多方面的互动关系。成功的合作办学会给原学校带来诸多好处，便于“为我所用”理念真正落到实处。
4.单方投资与双方投资举办合作项目，需要有相应配套的硬件设施。多数项目是利用甲方合作校现有的校舍，或在校外租用房子进行装修后投入使用，外加一些必要的教学设备的添置，这需要有一笔资金投入。通常做法有单方投入和双方共同投入两种。单方投入，多数是由甲方院校负责筹措资金，建好必要的教学设施后投入使用。在这种情况下，乙方只负责提供软件方面的合作，如输出课程，外派教师以及知识产权等方面的投入。双方投入，是由合作双方共同出资，筹措必要的举办资金，这种情况较少见。外方合作校有严格的年度财政预算制度，通常不会预留这块资金，较少用出资的形式合作。换言之，在现有政策背景下的合作办学，主要是以引智办学为主，引资办学不太现实。
甲方单方投资使合作的利益分配变得比较复杂，因为乙方多数是以知识产权的形式投入，如输出课程，外派教师等，很难用具体数额来测算双方的实际投入比例。乙方追求的除了经济利益外，还追求一种潜在的间接的利益（如招生等）。对合作办学的硬件设施要求，往往需要定位在较高标准上，才能与合作办学机构的品牌相匹配，才能与市场的期待值相一致。所以，这类投资的数额通常要高于同类学校的投资。由此，也产生了一个投入与回收成本的问题，这也是为什么合作办学机构时有营利动机和行为的原因之一。由于甲方合作校的投资能力有限，不可能有较充裕的资金投入，造成了多数合作办学项目都是以文科、管理科学为主，对试验设备投资量较大的理工科的引进几乎没有。所开设的项目大多集中在会计、工商管理、商务、文秘、计算机、外语等科目上，重复引进问题严重。
双方共同投入的项目则有其明显的优势，由于双方都有资金投入，都参与办学的全程管理，利益和责任都以协议方式明确规定出来，而且经过政府部门的批准，这种合作和交流就更加具有系统性和整体性，有助于办学全过程的全面合作和交流。由于双方都有经济投入，因而更加关注办学的经济效益和社会效益。
5.局部合作与整体合作
局部合作一般是指甲方教育机构以其中一个系或者一个专业进行合作，引进乙方课程，由乙方教师担任部分课程。甲方教育机构以其中一个系或者一个专业与乙方合作校签订协议，在新生中招收50名合作办学学生，独立编班，进行合作模式教学，即采用乙方教学法，两年在甲方学习，两年在乙方学习。这种局部合作的模式多见于大学中，其灵活性大，是属于短平快的项目，目标很明确。
整体合作，指的是某个学校或院系，通过合作办学，自身的性质起了变化，原有的运作模式和名称不复存在，取而代之的是合作办学的新机构。
整体合作的特点是，必须有完整的机构，有多方面配套设施，需要较大的投资。在开办的初期，品牌尚未形成，社会认可度有限，生源的数量难以保证。当数量达不到要求时，时常出现牺牲质量（如降分招生）以保证数量的做法。相对而言，局部合作有诸多的优势。如便于校方按需选择合作项目，可根据校方的需要，选择部分对方的强项，或与校方所急需的项目进行合作。对硬件和软件的要求也比较容易得到满足，可利用院系里原有教室上课，师资可采用拼盘方式，通常这部分招生是纳入计划的，生源质量有保证，容易寻找合作伙伴，容易达成合作意向，不失为一种较理想的合作模式。